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2011年5月 6日 (金)

すにっぷすいすいの活用術③ 亜種を簡単に識別する

今回ご紹介するのは「亜種をPCRで簡単に識別できる方法」です。
SNPs(スニップス;一塩基多型)に余りなじみのなかったご研究者の方に是非ご利用いただきたいツールです。

注意点として、比較する遺伝子の配列情報が明らかになっていることが大前提です。遺伝子配列情報がないとできません。

その③ 亜種をPCRで簡単に識別する

亜種とは定義によって変わってくるようですが、ここでは遺伝子配列的に非常によく類似した生き物同士の比較という視点でご紹介させていただくことにします。

例えば昆虫ならカイコとクワコ、
植物ならジャポニカイネとインディカイネ、

という感じでしょうか?(参考;下の図)
遺伝子配列情報さえあれば、クワガタだろうがカビだろうがOKです。見た目がとても似ていてよく分からないので、遺伝子的にきっちり判別したい、そんなキットを作りたい、ということも出来ますよ!←リーゾにお任せください。

下の図は同じ種の昆虫の中でも遺伝子的に類似した亜種どうしの遺伝子配列を比較のために並べたものです。4つの亜種どうしで遺伝子配列の違う場所が5つ(赤の矢印①~⑤)ありますね。
Snps_3

この5つの遺伝子配列の違いを利用してうまくパズルのように組み合わせると、昆虫A, B, C, Dの4つを識別することができるのです!
遺伝子配列の違いを利用するとはどういうことなのかといいますと、例えば①については昆虫Aでは遺伝子配列が「T」、一方、昆虫B~Dでは「C」ですが、すにっぷすいすいを使って、遺伝子配列が「T」ならPCRで増幅するが「C]なら増幅しない、また逆に、「C」なら増幅するが「T」なら増幅しない、というマーカーを作成します。これを組み合わせてうまく利用するのです。

上記の図のままではちょっと見にくいので、この5つの遺伝子配列の違う部分を簡単にまとめると、、、

Photo_2

①から⑤は上記の図の矢印についた番号に対応しています。

この昆虫4亜種を遺伝子的に区別するには、①から⑤のどの組み合わせなら区別できるでしょう?

答えは「①or⑤」と「②or③」と④の組み合わせ(3つのマーカー)です。

遺伝子型の違いをPCRの増幅あり・なしにうまく変換できるうようなプライマー設計には経験とコツ(そして根性)が要ります。また、条件検討も面倒なのでこのような工程はリーゾのすにっぷすいすいをご利用くださいね。

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