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2011年4月22日 (金)

すにっぷすいすいの活用術① PAGEによる断片長比較を簡便化

リーゾの受託サービスに「すいにっぷすいすい」があるのですが、SNPs解析に関連のあるご研究者の皆様だけでなく、意外と広い範囲の研究ツールとして使えるので、その具体例を紹介させていただきます。

今まで面倒だった実験が簡便化してすいすいと研究が進む便利ツールです。是非、ご活用ください!

その① 「PAGEによる断片長比較」 ⇒ 「PCRによる増幅あり・なし」で判定

例えば、ある遺伝子について品種Aに2塩基の欠損があり、欠損のない品種Bと判別したいケース

⇒今までは、、、
PCRで目的遺伝子を増幅後、2塩基のDNA断片長の違いをPAGEで解析することにより、品種AとBを判別していた(下の図)。

Page PAGEはゲル作成がちょっと面倒、そして2塩基分の泳動度の差を「じぃーっと」目を凝らして判定するのは、疲れちゃう。一度に解析できる検体数もそんなに多くない、などの短所があります。

Page_4これを、「すにっぷすいすい」を使ってみると、、、☟ ☟ ☟ ☟ ☟

品種AおよびBのそれぞれに対する検出用プライマーセットでPCR後、アガロースゲルで電気泳動。増幅がある・なし を判別するだけです。目を凝らしてわずかな違いを判定しなくてよく、ストレスがありません。アガロースゲルならゲル作製も簡便、泳動時間も15分程度で済みますし、ゲル作製の型によって一度に96サンプル分解析することも可。また、リーゾ商品の5×PCRすいすいを使えばゲル染色不要なので、電気泳動後すぐにUV照射下で結果を知ることができます。

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