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2011年4月28日 (木)

すにっぷすいすいの活用術② 導入遺伝子と内在遺伝子の発現解析

今回ご紹介する利用法は、以外な利用法です。 Σ( ゜Д゜)ハッ!

その②類似した遺伝子配列を持つ導入遺伝子/内在性遺伝子 の発現解析

例えば、遺伝子組み換え体などで導入した遺伝子が内在性遺伝子に類似していて(次の図)、それぞれについての発現解析をしてみたい場合にすにっぷすいすいはとても便利です。内在性の遺伝子同士で配列が酷似しているような場合にもOKです。
Photo_2
上記のような場合、リアルタイムPCRによる発現解析では通常のプライマー設計をしてしまうと、導入遺伝子だけを増幅させたいのに、遺伝子配列が酷似しているがゆえに内在性遺伝子までもが増幅してしまう、 そんな困った問題がありました。

そこで、すにっぷすいすいの出番です。
上記の例では赤枠で囲んだいずれかの遺伝子配列の違いを利用してプライマー設計を行います。もちPhoto_3ろん、その設計でPCR反応がうまくいくかどうか(特異的に増幅するかどうか)や、最適なPCR条件の検討も詳細に行ってから、プライマーセットをお客様に納品いたします(左の図、検討・確認のイメージ)。

そして、このプライマーセットを使用すれば、組み換え体の内在性遺伝子、導入遺伝子の発現解析が可能になります(下図)。Photo_4

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